Ako prozaička so zjavnou filozofickou reflexiou sa vo svojej poviedkovej a novelistickej tvorbe sústreďuje hlavne na tematiku ženy, rodiny a medzigeneračných vzťahov v súčasnom časopriestore. Debutovala zbierkou próz Reprodukcia času (1978), odmenenou cenou Ivana Krasku, v popredí ktorej sú – podobne ako v jej nasledujúcich prózach - zložité sujetové vzťahy. V knihách próz Snívanie v tráve (1983), Nočné jazvy (1986), Unikajúci portrét (1989), Nedeľné fotografie (1993), Deň za dňom (1997), Hodina zapadajúceho slnka (1998), Po dlhom mlčaní (2001) sa autorka cez prizmu autobiografickej reflexie dotýka vzťahu k matke, zložitých a neraz konfliktných problémov rodiny, subtílneho sveta ženy, témy bolesti a zmyslu obete, ale aj ticha a zátišia v hluku súčasnej civilizácie. V próze Záchrana sveta podľa G. sa na rozdiel od svojich predošlých próz sústredila na postavu chorú, narušenú, ktorá si robí starosti o svet. Akoby tentoraz obrátila optiku a sleduje starostlivosť matky o chorú dcéru. Próza Stalo sa tematicky a motivicky nadväzuje na staršiu prózu Hodina zapadajúceho slnka: opäť sa vracia k postave matky, skúma, koľko takáto téma unesie; akoby zároveň skúmala, nakoľko je sama schopná vracať sa ku kľúčovým okamihom matkinho života, a prehlbovať tak svoje poznanie „odchádzania“ zo života, ktoré eufemisticky pomenúva ako „hranicu“. Téma odchodu blízkej osoby je večná téma literatúry a Farkašová sa odhodlala, že práve na nej bude ukazovať svoju ľudskú silu. Viaceré jej prózy vyšli v antológiách doma i v zahraničí. Okrem štúdií v odborných periodikách a zborníkoch je spoluautorkou monografie Teória poznania, autorkou esejistických kníh Život ako rozhovor, Etudy o bolesti a iné eseje, v ktorých sa dotýka širokého okruhu medziľudských vzťahov, fenoménu rozhovoru i akútnych problémov jednotlivca a spoločnosti. Je zostavovateľkou poviedkovej knihy slovenských a rakúskych autoriek Zbližovanie, antológie esejí slovenských autorov Rok 2000: úzkosti a nádeje, zborníka Filozofia v kultúrnom kontexte. Venuje sa prekladaniu z nemčiny a angličtiny.
